...

после того как все выплатите

автор
Как раз за три года планируем выплатить ипотеку.

а зачем ее тогда вообще брать ? банк хочете поддержать финансово ?

29 декабря 2006 года N 256-ФЗ О ДОПОЛНИТЕЛЬНЫХ МЕРАХ ГОСУДАРСТВЕННОЙ ПОДДЕРЖКИ СЕМЕЙ, ИМЕЮЩИХ ДЕТЕЙ
Статья 10. Направление средств материнского (семейного) капитала на улучшение жилищных условий

4. Жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, оформляется в общую собственность родителей, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.

автор
Когда надо будет наделять детей долями?

При подаче документов в ПФР требуют нотариальное обязательство о наделении долями жены и детей после снятия обременения с квартиры
насколько я знаю, на сегодня нет механизма отслеживания выполнения обязательств.
но через 2-3 года, вероятно, он появится
И тогда, если Вы наделите детей собственностью в этой квартире и захотите ее продать, то нужно будет наделять их собственностью в другой квартире. Просто продать и получить деньги - не получится.

автор
будет ли где-то документально записано, что у детей в этой квартире в скором будущем будет собственность?

Да, Вы дадите нотариальное обязательство. Его копия будет в Пенсионном фонде. Банк после перечисления МК тоже будет об этом знать.